生物發酵研究所主要從事生物發酵制品的研究與開發、提供相應技術咨詢、支持及培訓等專業科研研究所。涉及范圍主要有微生物菌種篩選及選育、代謝產物研究、農副產品深加工、農產品智能化烘烤、卷煙增香提質、中藥微生物炮制、微生物肥料的研制等方面，涵蓋了輕工、食品、醫藥、農業、環保等諸多領域。具有較強的研發團隊和先進的科研設施及實驗設備。先后承擔省部級及以上科研項目50余項，成功開發并轉化了糖化酶、甘油、檸檬酸、蘋果酸、衣康酸、衣康酸酐、曲酸、抗菌肽、微生態制劑、生物肥料、生物防腐劑等多種產業化的生物制品。獲得各級政府獎勵五十余項，其中，“黑曲糖化酶活力的提高及其在工業上的應用”榮獲國家科技進步一等獎、“發酵法制衣康酸”榮獲四川省科技進步一等獎，“發酵法制曲酸”獲四川省新產品獎。獲得各項專利20余項，發表著作十余部，發表論文100余篇。